今年2月までに少なくとも7783万回分の新型コロナウイルスワクチンが使用されずに廃棄されたとみられることが、毎日新聞の取材で判明した。厚生労働省の公表資料や全国の主要な自治体へのアンケート集計で割り出した。ワクチンの有効期限切れが主な要因で、廃棄量は購入契約数の約9％に当たる。有効期限の到来によって今後も増える見通しで、有識者からは大量廃棄に至った過程について検証を求める声が上がっている。
国はワクチンの1回当たりの購入単価を公表していないため、廃棄されたワクチンの費用を算出できない。ただ、財務省は購入予算額（2兆4036億円）を総契約数（8億8200万回分）で割った2725円を金額換算した場合の1回分として示している。この数字を掛け合わせ、廃棄されたワクチンを金額に換算すると約2120億円と試算することができる。厚労省幹部は「2725円を掛け合わせて廃棄されたワクチンの費用の総額を算出することには反対はできない」と述べ、実態と大きくかけ離れていないことを示唆した。 政府はコロナワクチンとして、米ファイザー社製3億9900万回分▽米モデルナ社製2億1300万回分▽英アストラゼネカ（AZ）社製1億2000万回分（後に6230万回分契約解除）▽米ノババックス社製1億5000万回分（1億4176万回分契約解除）をそれぞれ調達した。このうち、厚労省は従来型ワクチンの有効期限が切れたとして、廃棄数量がモデルナ社製で約6390万回分（自治体見込み分含む）、AZ社製は約1358万回分（同）に上ることを明らかにしている。
